A BIOFUND é constituída por uma estrutura organizacional composta por diferentes Órgãos Sociais: a Assembleia de Membros, O Comité de Conselheiros, o Conselho de Administração, e o Conselho Fiscal.

A Assembleia de Membros é formada por todos os membros da BIOFUND e, é dirigida por uma mesa que integra o seu presidente, o vice-presidente e o secretário. Este órgão tem, de entre outras competências, aprovar o plano estratégico da BIOFUND, eleger os novos membros da BIOFUND, e também eleger os membros do Conselho de Administração e do Conselho Fiscal, mediante proposta do Comité de Conselheiros, e deliberar sobre a atribuição da qualidade de membro honorário e membro benemérito.

O Comité de Conselheiros é constituído por 5 membros, eleitos entre si, em reunião conjunta dos membros fundadores e membros cessantes do Conselho de Administração. Cabe a este órgão, propor a lista dos membros do Conselho de Administração e do Conselho Fiscal, à Assembleia de Membros para aprovação, e nomear o auditor externo.

A BIOFUND é dirigida por um Conselho de Administração, composto por 7-11 membros oriundos de diversos sectores como Governo, ONGs, Gestão Financeira, Academia, Sociedade Civil e  por vezes Doadores. O Conselho de Administração é responsável pela administração e gestão da BIOFUND, bem como do seu património, aprovar o plano anual ou plurianual de actividades e os respectivos orçamentos e fixar o fundo anual de investimentos, aprovar projectos e iniciativas prioritárias para a aplicação de fundos e as respectivas atribuições, e aprovar o relatório anual de contas, dando-o a conhecer à Assembleia de Membros, entre outras competências.

Para a gestão quotidiana da BIOFUND, o Conselho de Administração delega poderes ao Director Executivo. Este, por sua vez, tem sob a sua alçada um Director de Administração e Finanças, um Director de Programas e um Director de Financiamentos Inovadores, que gerem as respectivas equipas.

Por último, o Conselho Fiscal, composto por 3-5 membros, tem como função verificar a legalidade dos actos de gestão e a regularidade das actividades administrativas e financeiras da BIOFUND, bem como produzir um parecer anual sobre o desempenho financeiro da BIOFUND e a sua conformidade com os procedimentos financeiros e administrativos estipulados.